ข้อเสียของการจัดฟัน 

1.  ฟันผุ เหงือกอักเสบ เนื่องจากการที่เรามีเครื่องมือจัดฟันอยู่ในช่องปาก จะทำให้การทำความสะอาดเป็นไปได้ยาก ส่งผลให้เกิดฟันผุและเหงือกอักเสบได้ง่าย ผู้ที่จัดฟันจึงควรแปรงฟันอย่างสะอาดทั่วถึงหลังจากมื้ออาหารทุกมื้อ

2.  อาการแพ้สารที่เป็นส่วนประกอบในเครื่องมือจัดฟัน บางคนแพ้สารพวกนิเกิลที่เป็นส่วนประกอบในเครื่องมือจัดฟัน แต่พบได้น้อยมาก

3.  อาการเจ็บ พบได้เกือบทุกคนที่จัดฟัน อาการเจ็บนี้มักเกิดจากการเคลื่อนตัวของฟัน หรือเกิดจากเครื่องมือจัดฟันไปทิ่มกับเนื้อเยื่อภายในช่องปาก อาการเจ็บจะเป็นในบางช่วงของการจัดฟันเท่านั้น

4.  อาการปวดข้อต่อขากรรไกร อาจเกิดขึ้นได้ระหว่างการจัดฟัน เนื่องจากฟันเคลื่อนตัวไปในตำแหน่งที่ไม่เหมาะสมต่อการบดเคี้ยว

5.  ฟันตายหรือรากฟันมีการละลายตัว พบได้ไม่บ่อยนักในผู้ที่มีการจัดฟัน อย่างไรก็ตามเราพบว่าในระหว่างการจัดฟันนั้น ฟันที่ตายไปแล้วอาจจะย้อนกลับมามีชีวิตดังเดิมได้ และในคนปกติที่ไม่ได้จัดฟันรากฟันก็มีการละลายตัวได้เองอยู่แล้ว