เป็นเรื่องธรรมดาที่ระหว่างการจัดฟันนั้นจะต้องมาอาการเจ็บ โดยเฉพาะหลังจากที่มาพบทันตแพทย์ตามนัดในแต่ละครั้ง และทันตแพทย์ได้ทำการปรับแต่งเครื่องมือจัดฟันให้ โดยทั่วไปอาการเจ็บในการจัดฟันมีสาเหตุมาจากดังนี้

1. อาการเจ็บที่มีสาเหตุมาจากเครื่องมือจัดฟัน เช่น เครื่องมือจัดฟันไประคายเคืองต่อเหงือก หรือกระพุ้งแก้ม ลวดจัดฟันยื่นยาวออกมาทิ่มกระพุ้งแก้ม อาการเหล่านี้สามารถรักษาได้โดยกำจัดสาเหตุที่ทำให้เจ็บนั้นออกไป เช่น การใช้ขี้ผึ้งปิดบริเวณที่มีการระคายเคือง หรือการไปให้ทันตแพทย์ตัดปลายลวดหรือดัดลวดลงไป

2.  อาการเจ็บที่มีสาเหตุมาจากตัวฟัน เช่น จากการเคลื่อนที่ของฟัน การสบกระแทกฟันที่ผิดปกติ ฯลฯ ซึ่งอาการเจ็บเหล่านี้เป็นสิ่งปกติในการจัดฟันและจะสามารถหายไปได้เอง โดยมากอาการเจ็บชนิดนี้จะเจ็บมากขึ้นเมื่อฟันกระทบกัน หรือขณะใช้ฟันเคี้ยวอาหาร